Un equipo MEG se parece un poco a un sombrero de inmensas dimensiones que se coloca a una distancia de unos 10-15 mm de la cabeza del participante que está sentado cómodamente en el asiento del equipo o ligeramente tumbado. Su funcionamiento y sus ventajas y inconvenientes difieren algo del de las IRMf, con lo cual, a veces es más adecuada una técnica u otra en función de las hipótesis de trabajo que haya. Así, la MEG tiene una resolución temporal extremadamente fina, lo cual la hace especialmente atractiva para experimentos que implican el estudio de la coordinación temporal de eventos corticales en respuesta a estímulos experimentales. En cambio, su resolución espacial no es tan alta como la de la IRMf, lo cual en parte es debido a que con esta técnica no es posible llegar muy profundamente en el cerebro. El mecanismo de funcionamiento de esta técnica se basa en el hecho de que todo movimiento de cargas electricas genera un campo magnético. Así, el cerebro también genera debiles campos magneticos, los cuales pueden ser detectados con detectores hipersensibles, llamados SQUIDs (Superconducting Quantum Interference Device). Estos diminutos campos magnéticos son menores que 1 pT (pico Tesla) con lo cual son más que 100 million veces menores que el campo magnético de la tierra. Al mantener los detectores a una temperatura de -269°C con helium líquido, se pueden grabar estos campos magnéticos cerebrales generados por la corteza en respuesta a estímulos externos. La MEG tiene la gran ventaja que es absolutamente silenciosa en el funcionamiento. Empleamos la MEG sobre todo en estudios de preferencia estética, donde es especialmente provechosa.